Работодатель применяет вычет с месяца получения уведомления, пересчитывая налог с начала года (п. 8 ст. 220 НК РФ). Но если дохода за год не хватило, чтобы использовать всю сумму, - остаток не сгорает: по окончании года подайте декларацию 3-НДФЛ, и налоговая инспекция досчитает разницу.
Когда так происходит на практике
- Сменили работодателя в течение года - уведомление привязано к конкретному работодателю и не переходит к новому автоматически; для нового понадобится новое уведомление или декларация по итогам года.
- Кроме зарплаты есть другой доход с НДФЛ - например, по гражданско-правовому договору или от сдачи квартиры в аренду как физическое лицо - вычет через работодателя его не охватывает, только декларация.
- Уведомление получили в ноябре-декабре - пересчитать успевают не весь год, и остаток дохода, к которому вычет не применили, добирают декларацией.

Как это выглядит в цифрах
Лимит вычета один и тот же независимо от способа получения - до 2 000 000 ₽ на покупку (до 260 000 ₽ к возврату при доходе по ставке 13%) и до 3 000 000 ₽ по процентам ипотеки (до 390 000 ₽ к возврату). Если работодатель успел применить вычет только к части годового дохода, в декларацию попадает разница между этим лимитом и уже учтённой у работодателя суммой.
Что указать в декларации
В декларацию 3-НДФЛ за год включают весь доход с НДФЛ за этот период, включая зарплату, с которой работодатель уже не удерживал налог по уведомлению, - это видно из сведений о доходах, которые налоговая инспекция и так получает от работодателя. Отдельно указывать, что часть вычета уже использована через работодателя, не нужно: инспекция сверяет это по своим данным.
Совмещать оба способа можно без ограничений: это не два разных вычета, а один и тот же лимит, использованный частями. Остаток имущественного вычета в любом случае переносится на следующие годы без ограничения срока (п. 9 ст. 220 НК РФ) - в отличие от социального вычета, у которого остаток на следующий год не переносится.
Если работодателей было несколько за год
Доход суммируется по всем работодателям за год - декларация не привязана к тому, у кого вы получили уведомление. Даже если вычет через уведомление применял только один из них, остальной доход, облагаемый по той же ставке 13-22%, тоже уменьшает базу для вычета в декларации по итогам года и увеличивает сумму к возврату.
Частая ошибка
Не подавать декларацию, думая, что раз вычет уже начали получать у работодателя, остаток добрать нельзя. Можно: это по-прежнему один и тот же вычет, просто использованный в две части.
Как в целом устроен вычет через работодателя - в разделе «Вычет через работодателя» и в инструкции «Вычет через работодателя пошагово», а что будет с уведомлением при смене места работы - в ответе «Что будет с вычетом через работодателя при увольнении».
Источники
- Статья 220 НК РФ. Имущественные налоговые вычетыКонсультантПлюс
- Имущественный вычет при приобретении имуществаФНС России